Mở đầu câu chuyện

Mở đầu câu chuyện bằng một vụ án tại nhà Kurokawa Daizo, viện trưởng bệnh viện Kurokawa. Nạn nhân chính là Daizo. Trước lúc tắt thở nạn nhân đã để lại bức thư tuyện mệnh 3 chữ cái JUN. Lời nhắn đó ám chỉ ai trong ba người: Kurokawa Mina, phu nhân ông ta; Kurokawa Daisuke, con trai ông ta và Nakazawa Minami, quản gia. Nhờ vào bàn tay của nạn nhân trên bàn phím, Conan đã đoán được hung thủ, đó chính là quản gia Minami. Vào lúc cô ta đánh đằng sau Daizo, ông ta đã quay lại để xem kẻ tấn công là ai và bị đánh thêm một cái nữa. Do ngón tay của ông vô tình chạm phải nút chuyển ký tự Nhật thành ký tự La tinh, tên hung thủ ăn bánh mỳ bơ. Ba chữ cái JUN trên mặt conan

Bức thư mời

Conan đến nhà tiến sĩ Agasa kiểm tra hộp thư nhà mình. Chợt cậu nhận được một thư mời từ một kiến trúc sư tên Moriya Teiji đến ăn tiệc tại sân sau nhà ông. Vì thân hình bé nhỏ của cậu, cậu đã nhờ Ran đến tiệc thay cậu cùng ông Mori, tất nhiên là cả Conan nữa. Với phần thưởng là xem những kiến trúc của ông lúc còn 30 tuổi trở đi vì một câu đố dí dỏm, khá khó. Thế rồi, từng kiến trúc của ông đã bị đặt bom và thiêu cháy. Khi đang xem bản tin nói về vụ hoả hoạn, Conan nhận được một cú điện thoại từ tên khủng bố đã cướp lấy chất nổ từ một nhà máy nhà nước. Hắn bảo rằng hắn đã cài bom vào những địa điểm khác nhau và nói với cậu rằng hãy tìm những quả bomb ấy trong danh dự của một thám tử.

Những quả bom

Đầu tiên, Conan nhận được cú điện thoại từ tên khủng bố. Đe doạ Conan bọn trẻ sẽ chết bên bờ sông nơi công viên Beika. Quả bom được đặt trong chiếc máy bay đồ chơi nhỏ của ông khủng bố đưa cho bọn Genta, Ayumi, Mitsuhiko. Conan sớm phát hiện và đã đá bộ điều khiển vào máy bay, làm cho nó nổ tung.

Conan lại nhận được một cú điện thoại từ tên khủng bố, hắn cho gợi ý rằng quả bom thứ 2 sẽ được đặt nơi ga xe lửa Beika, "ở dưới gốc cây". Câu không chờ đợi gì lấy chiếc ván trượt của cậu đến "Beika Station". Cuối cùng, cậu cũng tìm ra. Nhưng tiếc rằng quả bom lại ở trong một chuồng mèo (Mèo: Neko Rễ cây: Nekko, hai từ này phát âm giống nhau) lại được một cụ già lấy đi. Cậu chỉ còn biết cách chạy theo, mang quả bom ra một bãi rộng, cho nó nổ tung. Tuy nhiên, vì vậy mà vụ nổ làm cậu bay ra, đập đầu vào một thân cây gần đấy.

Conan vào bệnh viện nằm sau khi cảnh sát tìm thấy cậu. Cậu kể lại sự việc và lại nhận được cú điện thoại ấy. Tuy đang nằm trong bệnh viện nhưng cậu vẫn cố gắng giải được mật thư. Thế rồi cậu dựa vào chiếc ván trượt sử dụng năng lượng mặt trời để chạy rồi giải mật thư. Và mọi người suy ra rằng thủ phạm là người có thù oán với Shinichi. Tiến sĩ Agasa nghĩ lại vụ án gây dư luận nhất mà Shinichi từng phá. Đó là vụ án đụng xe tại thành phố Nishitama. Nghi phạm là 2 cha con thị trưởng Okamoto, Okamoto Saicho và Okamoto Kohei. Dựa vào thế vừa lái vừa hút thuốc của Kouhei, Shinichi đã biết được thủ phạm, chính là Saichou Okamoto. Sau khi bị bắt, công trình "Nishitama, Thành phố của chúng ta" bị đình chỉ. Cảnh sát nghi ngờ Kouhei trả thù cho cha. Nhưng rồi cậu ta có chứng cứ ngoại phạm. Thế rồi 5 quả bom trên cây cầu - một trong những kiến trúc thời tuổi 30 của giáo sư Moriya. Nhờ suy luận của Conan, cảnh sát đã tìm hiểu được tất cả các vụ hỏa hoạn gần đây đều do Moriya Teiji thiết kế, và mọi người đoán rằng hung thủ không chỉ có thù hằn với Shinichi mà còn có thù hằn với Moriya Teiji.

Vạch mặt hung thủ

Khi đến nhà giáo sư thẩm vấn, Conan chợt phát hiện ông là kẻ khủng bố vụ cướp. Rồi giăng bẫy buộc ông ta phải đầu hàng. Thật kì lạ rằng vì một kiến trúc sư như ông chắc hẳn phải rất yêu mến những tác phẩm của mình làm nên, ông làm thế chỉ vì những ngôi nhà không được xây theo ý của ông - một hướng đối xứng. Điều ấy khiến ông vô cùng tức giận. Lý do ông ta thách thức Shinichi là vì cậu đã làm thị trưởng một thành phố bị bắt trong một vụ án cậu xử, Moriya đã thiết kế bảng vẽ có tên "Thành phố mới" cho công trình ông sắp thành công thì đã bị huỷ.

Quả bom cuối cùng

Bom nổ vẫn chưa hẳn hết. Ran đã bị mắc kẹt trong toà nhà Beika, nơi cô bé hẹn với bạn mình Shinichi để xem một bộ phim chúc mừng sinh nhật cậu. Ran buộc phải nghe theo lời Conan (giả giọng Shin) chỉ cách vô hiệu hoá quả bom. Nhưng không may, trò chơi đen trắng mèo vờn chuột của ông Moriya vẫn còn. Còn 2 dây xanh và đỏ!! Dây nào vô hiệu hoá quả bom, dây nào là ngòi nổ. Trong tuyệt vọng, Ran cắt dây xanh. Cô không cắt chiếc dây đỏ vì cô nói rằng đó là sợi dây kết nối cô với Shinichi, cô không bao giờ cắt nó một cách lãng xẹt như vậy. Và chính điều này đã cứu cô khỏi quả bom chọc trời đó.

Cuối phim, Ran cầm chặt trên tay cái bịch chứa chiếc áo pôlô đỏ cô dành tặng cho Shin.